四大扎仓
扎仓是格鲁派寺院的学经单位,也是措钦以下的管理机构。哲蚌寺建成初期有七个扎仓,分别由绛央曲结的七大弟子主持,后来各地来寺的僧人不断增多,根据他们的学经内容和籍贯合并成现在的罗赛林、郭芒、德阳和阿巴四大扎仓。后一个为密宗扎仓。
德阳扎仓
德阳扎仓在四大扎仓中建筑面积最小,约952平方米,其经堂共有62根柱子,面积375平方米。经堂后部为佛殿。
罗赛林扎仓
罗赛林扎仓是哲蚌寺最大的扎仓。它的建筑面积约1860平方米,主要包括经堂和佛殿两部分。经堂有102根柱子,面积1053平方米,两边经架壁立,总长约60多米,放满各种经典。经堂陈设装饰不亚于措钦大殿。经堂后背是强巴佛殿,并列三室,前部相通,佛殿内供满各种佛像。扎仓的僧人人数是全寺最多的,他们主要来自康区和云南等地,扎仓下辖23个康村。
郭芒扎仓
郭芒扎仓仅次于罗赛林扎仓,也分为经堂和佛殿两部分。经堂面积985平方米,其建筑格局、柱子排列均与罗赛林扎仓相同,共有102根柱子。佛展部分由三个拉康组成,即且巴拉康、敏主拉康、卓玛拉康。郭芒扎仓下属有16个康村,有的较大的康村下面再分设米村,米村是以更小地域范围划分的僧团组织。
阿巴扎仓
阿巴扎仓是哲蚌寺的密宗学院。哲蚌寺规定,僧人在其他扎仓修习密法。阿巴扎仓位于措钦大殿的右后侧,最前部为一封闭式的庭院,庭院四周是僧房,后部为经堂,经堂共有48根柱子,面积467平方米,经堂四壁绘有密宗题材的壁画。
甘丹颇章
甘丹颇章为极乐宫,建于1530年,由二世达赖喇嘛根敦嘉措任哲蚌寺第十任赤巴(住持)时主持修建。以后三世、四世、五世达赖喇嘛都在这里居住过并历任该寺赤巴。五世达赖喇嘛时期,建立了强有力的地方政权,因政务在该颇章(颇章意为宫殿)处理,故名甘丹颇章政权,甘丹颇章遂一度成为西藏地区政治权力中心,后来五世达赖迁往布达拉宫处理政务。