《御赐小仵作》并不是穿越剧，只是架空了历史而已，在这部电视剧的结局里面，以宦官秦鸾为代表的一众人物全部失败，薛汝成也在战场上面死去了。这算得上是一个比较圆满的大结局，不过男主萧瑾瑜和女主楚楚两个人也要离开朝堂了，这不得不让人感到遗憾，要知道他们两个人一直很有家国观念，也希望能够为国家做贡献。
在这部剧里面，萧瑾瑜的大哥萧瑾璃是一个很好的人，因为萧瑾瑜在小的时候曾经跳到冰水里面救过他一命，从那以后身体就不太好，所以他对自己的这个弟弟一直颇多忍让。不但如此，在成年了以后，他还将自己的爵位让给了自己的弟弟萧瑾瑜，很多人都认为他们两个人是亲生的兄弟，可实际上萧瑾瑜却是那个被抱养的孩子。
其实从最开始女主见到男主的时候就表示，你和你的大哥长得似乎并不太相像，这里已经埋好了伏笔，说明萧瑾瑜和萧瑾璃兄弟两个人，有一个是被抱养来的。那个孩子很有可能就是当年叛党陈璎的亲生儿子，而女主楚楚的身世也变得扑朔迷离起来，很多人都在猜测她和男主究竟是不是亲生兄妹。
可实际情况却是，女主楚楚和男主之间并没有什么血缘关系，男主萧瑾瑜的确是公主抱养来的，她希望实现自己丈夫当年的心愿。为此她甚至牺牲了自己亲生儿子，一直对萧瑾瑜很好，在京城里面，甚至有人传她和驸马的亲生儿子，才是那个被抱养的人。
萧瑾瑜和楚楚两个人在得知了事情的真相以后，选择隐居山林，因为他们知道，在这个朝堂里面已经没有了他们的容身之地。如果一直待在这里的话，不但公主和驸马两个人会非常难做，就连大哥萧瑾璃的后半生也没有保障。
